Postępująca degradacja mokradeł pociąga za sobą szybkie zmniejszanie liczebności populacji wielu gatunków roślin i zwierząt, których przetrwanie jest uzależnione od zachowania i renaturyzacji siedlisk podmokłych. Ale ochrona mokradeł to wspólny interes nas wszystkich: to ochrona zasobów czystej wody, najskuteczniejsze zabezpieczenie przed powodziami, przeciwdziałanie erozji i degradacji gleb, a także umożliwienie nam wszystkim przeżywania radości z obcowania z nieujarzmioną, ale niekoniecznie wrogą człowiekowi, przyrodą.

Dobór metod ochrony mokradeł nie jest jednoznaczny i nie zależy tylko od rodzaju ekosystemu, ale też od stopnia jego naturalności, a przede wszystkim wybranego przedmiotu ochrony – może nim być cały ekosystem, ale też określona grupa organizmów (np. ptaki lęgowe lub wędrowne), konkretny gatunek, czy wreszcie świadczone usługi ekosystemowe. W zależności od przedmiotu ochrony różnie możemy dobrać konieczne działania.

Najważniejszym paradygmatem skutecznej ochrony mokradeł jest utrzymywanie jak najmniej zmienionych stosunków wodnych w zlewni danego ekosystemu mokradłowego. Z wyjątkiem mokradeł zasilanych wyłącznie wodą deszczową (torfowisk ombrotroficznych), dla których powierzchnia zlewni pokrywa się z ich obszarem, wszystkie pozostałe mokradła mają zlewnię przekraczającą, często wielokrotnie (nawet kilkudziesięciokrotnie) ich własną powierzchnię. Każda znacząca ingerencja w przepływ wody w zlewni ma zatem swoje konsekwencje w funkcjonowaniu mokradeł, będących odbiornikiem tej wody, a w szczególności – jeśli wiąże się z eksploatacją lub odprowadzaniem wody – skutkuje jej odbieraniem mokradłom. Co jeszcze bardziej oczywiste: nie da się skutecznie chronić części ekosystemu mokradłowego – każda rzeka, torfowisko, czy jezioro stanowią integralną całość, a znaczące ingerencje w jednym miejscu mogą skutkować degradacją w innym miejscu lub w całości ekosystemu. Przykładem są zapory - punktowe ingerencje w ciągłość ekologiczną rzeki, które zaburzają ich ciągłość dla ryb wędrownych, jednocześnie skutkując zmianą przepływu materii przez ekosystem. W torfowisku lokalne melioracje odwadniające mogą przejąć znaczną część wody zasilającej oryginalnie ekosystem bagienny.

Metody ekosystemowej ochrony mokradeł możemy zasadniczo podzielić na ochronę bierną (w szczególności – ścisłą) oraz czynną, której przypadkiem szczególnym jest aktywna restytucja przyrodnicza, czyli odtwarzanie zdegradowanych ekosystemów.

Ochrona bierna jest z reguły stosowana do ekosystemów naturalnych lub, gdy celem ochrony jest zachowanie i obserwacja procesów ekologicznych. Niemniej, coraz częściej zwraca się uwagę, że ochrona bierna może też być elementem strategii odtwarzania dzikich, naturalnych procesów, na obszarach wcześniej zaburzonych – a więc stając się poniekąd strategią restytucji.

Ochrona czynna ma z reguły na celu utrzymanie określonego stanu ekosystemu (zwykle pożądanego ze względu na występowanie rzadkich, będących przedmiotem ochrony, gatunków roślin lub zwierząt) wbrew naturalnym procesom sukcesji wtórnej – z reguły zmierzających w kierunku ekosystemów leśnych. Jest to tzw. ochrona czynna zachowawcza – polegająca najczęściej na stosowaniu koszenia, wypasu lub wycinaniu drzew i krzewów. Przeciwdziałanie sukcesji jest szczególnie ważne na zaburzonych hydrologicznie, przesuszonych torfowiskach, które utraciły naturalną odporność na ekspansję drzew.

Restytucja przyrodnicza to wspomaganie procesu regeneracji ekosystemu, który został zaburzony lub zniszczony przez człowieka. Posługuje się bardzo różnymi technikami – zaliczymy tu zarówno usuwanie zapór na rzekach, odtwarzanie meandrujących koryt, jak i blokowanie odpływu na zmeliorowanych torfowiskach, czy działania zmierzające do obniżenia ich trofii – np. poprzez usuwanie warstwy murszu. Do działań z zakresu restytucji przyrodniczej zaliczamy także manipulacje składem biotycznym zespołów organizmów – np. biomanipulację w jeziorach (wpływanie na trofię zbiornika poprzez kontrolę populacji drapieżników) oraz introdukcję gatunków roślin przy odtwarzaniu torfowisk (siew, transfer siana nasiennego, sadzenie). Szczególnym, ale coraz bardziej powszechnym celem restytucji przyrodniczej jest przywracanie utraconych usług ekosystemowych mokradeł – sekwestracji węgla, oczyszczania wód, czy funkcji retencji wody i ochrony przeciwpowodziowej.

Więcej i szczegółowo o metodach ochrony mokradeł: